El Museo Multidisciplinario La Salle se funda en el año 1937, a partir de las colecciones formadas por los Hermanos de La Salle y por donaciones (en su mayoría, de padres de familia). Durante estos años, el museo fue un gran recurso pedagógico que complementaban idóneamente las clases que se impartían en los salones del Colegio La Salle de Lima. Es a partir del terremoto de 1974, que comenzaría el cierre paulatino del museo ya que una de las causas del terremoto fue el daño a nivel infraestructura del museo, lo cual implicaba un riesgo para los alumnos, maestros y otros visitantes.  

Es en el año 1992 que el Hno. Ludolfo Ojeda (director del Colegio La Salle de Lima) optó por formar un equipo de especialistas en Arqueología, Biología, Antropología, Geología, Sistemas, entre otros; quienes realizaron tareas de puesta en valor de las colecciones. Esta puesta en valor fue inaugurada en el año 1994, año en el que el museo abre nuevamente sus puertas, aunque su funcionamiento se extendió sólo hasta 2005, cuando el museo volvió a cerrar. 

Aunque se realizaron trabajos intermitentes con las colecciones, en el 2020, el Instituto de los Hermanos de las Escuelas Cristianas de La Salle asume la gestión integral del museo, iniciando con los trabajos de limpieza, registro, catalogación y la implementación de espacios y almacenes adecuados para preservar el patrimonio cultural y natural de nuestro museo.  

El 15 de mayo del 2021, se reinaugura el Museo Multidisciplinario La Salle junto a la Biblioteca y Centro de Documentación Francisco Iriarte Brenner y Milly Ahon Olguín, centro documental especializado en Arqueología, Antropología, Folklore, entre otros temas relacionados a las Ciencias Sociales y Humanidades. 

En abril del 2023, la Universidad La Salle de Arequipa crea el Instituto de Investigación en Patrimonio Cultural, albergando al Museo Multidisciplinario La Salle y la Biblioteca y Centro de Documentación Francisco Iriarte Brenner y Milly Ahon Olguín.